Inspektorat yang memiliki fungsi pengawasan diharapkan dapat mendukung Visi Misi Kepala Daerah dari sisi Quality Assurance, hal ini berarti dengan fungsi pengawasannya Inspektorat diberi tanggung jawab untuk menjamin kualitas kinerja perangkat daerah di DIY dapat memenuhi standar-standar pelayanan dan operasional yang telah ditetapkan untuk mencapai VISI Misi Kepala Daerah yang telah ditetapkan. Untuk itu Inspektorat DIY menetapkan Tujuan dan Sasaran sebagai berikut:
- Tujuan. Tujuan merupakan penjabaran atau implementasi dari pernyataan misi dan merupakan sesuatu (apa) yang akan dicapai atau dihasilkan pada kurun waktu tertentu 1 sampai dengan 5 tahun ke depan (kapan). Terkait dengan review Renstra Inspektorat Daerah Istimewa Yogyakarta 2017 – 2022 ditetapkan tujuannya adalah Terselenggaranya quality assurance atas penyelenggaraan pemerintahan di Pemda DIY.
- Sasaran. Sasaran merupakan penjabaran dari tujuan secara terukur yang akan dicapai atau dihasilkan secara nyata. Fokus utama sasaran adalah tindakan dan alokasi sumber daya yang tersedia dalam kegiatan Inspektorat Daerah Istimewa Yogyakarta. Ditetapkan sasarannya adalah Meningkatnya Kualitas Pengawasan Dan Pengendalian Internal.
Adapun tujuan dan sasaran Jangka Menengah Tahun 2017 s.d 2022 Inspektorat DIY digambarkan dengan tabel berikut :